Si-a început cariera de antrenor înurma cu 16 ani, la formația Uniaode Santarem. A trecut apoi pe laUniao de Montemor si Oriental pentru ca, în 1999,sa semneze cu Nacional Madeira.Dupa patru ani petrecu și în insulele din Oceanul Atlantic, Peseiro a fost chemat de Carlos Queiroz sa-l însoțeasca drept secund la Real Madrid. Aventura în capitala Spaniei nu a durat decât un an. Apoi, cariera tânarului antrenor a luat o noua turnura. În 2004 a fost numit „principal" la Sporting Lisabona, echipa pe care a condus-o pâna în finala Cupei UEFA. Dupa o scurta escapada la Al-Hilal si un an în Grecia, la Panathinaikos, Peseiro a semnat un contract valabil pe doi ani cu Rapid.„The almost winner" Porecla pe care fotbalistii de la Sporting i-au dat-o fostului lor antrenoreste „The almost winner". În limba româna s-ar putea traduce drept... „aproape campion". Dupa ce a pierdut dramatic finalaCupei UEFA cu Sporting, împotriva ruilor de la SKA Moscova chiar pe „Alvalade", Peseiro a scapat printre degete si campionatul, desi, în partida